Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Bailey, M. H. et al. (2020) Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples. Nature Communications, 11, 4748. (doi: 10.1038/s41467-020-18151-y) (PMID:32958763) (PMCID:PMC7505971)

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Abstract

The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts.

Item Type:Articles
Status:Published
Refereed:Yes
Glasgow Author(s) Enlighten ID:Duthie, Dr Fraser and Yuan, Dr Ke and Wright, Mr Derek and Jamieson, Dr Nigel and Cooke, Dr Susie and Bailey, Dr Peter and Martin, Ms Sancha and Oien, Professor Karin and Chang, Professor David and Biankin, Professor Andrew and Graham, Dr Janet and Musgrove, Dr Elizabeth
Authors: Bailey, M. H., Meyerson, W. U., Dursi, L. J., Wang, L.-B., Dong, G., Liang, W.-W., Weerasinghe, A., Li, S., Li, Y., Kelso, S., Saksena, G., Ellrott, K., Wendl, M. C., Wheeler, D. A., Getz, G., Simpson, J. T., Gerstein, M. B., Ding, L., Akbani, R., Anur, P., Bailey, M. H., Buchanan, A., Chiotti, K., Covington, K., Creason, A., Ding, L., Ellrott, K., Fan, Y., Foltz, S., Getz, G., Hale, W., Haussler, D., Hess, J. M., Hutter, C. M., Kandoth, C., Kasaian, K., Kasapi, M., Larson, D., Leshchiner, I., Letaw, J., Ma, S., McLellan, M. D., Men, Y., Mills, G. B., Niu, B., Peto, M., Radenbaugh, A., Reynolds, S. M., Saksena, G., Sofia, H., Stewart, C., Struck, A. J., Stuart, J. M., Wang, W., Weinstein, J. N., Wheeler, D. A., Wong, C. K., Xi, L., Ye, K., Bieg, M., Boutros, P. C., Buchhalter, I., Butler, A. P., Chen, K., Chong, Z., Drechsel, O., Jonathan Dursi, L., Eils, R., Espiritu, S. M. G., Fulton, R. S., Gao, S., Gelpi, J. L. l., Gerstein, M. B., Gonzalez, S., Gut, I. 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College/School:College of Medical Veterinary and Life Sciences > Institute of Cancer Sciences
College of Medical Veterinary and Life Sciences > Institute of Infection Immunity and Inflammation
College of Science and Engineering > School of Computing Science
Journal Name:Nature Communications
Publisher:Nature Research
ISSN:2041-1723
ISSN (Online):2041-1723
Copyright Holders:Copyright © 2020 The Authors
First Published:First published in Nature Communications 11: 4748
Publisher Policy:Reproduced under a Creative Commons License

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