Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Bailey, M. H. et al. (2020) Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples. Nature Communications, 11, 4748. (doi: 10.1038/s41467-020-18151-y) (PMID:32958763) (PMCID:PMC7505971)

Abstract

The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts.

• Item Type: Articles
• Status: Published
• Refereed: Yes
• Glasgow Author(s) Enlighten ID: Wright, Mr Derek and Jamieson, Dr Nigel and Cooke, Dr Susie and Biankin, Professor Andrew and Martin, Ms Sancha and Graham, Dr Janet and Bailey, Dr Peter and Oien, Professor Karin and Musgrove, Dr Elizabeth and Duthie, Dr Fraser and Yuan, Dr Ke and Chang, Professor David
• Authors: Bailey, M. H., Meyerson, W. U., Dursi, L. J., Wang, L.-B., Dong, G., Liang, W.-W., Weerasinghe, A., Li, S., Li, Y., Kelso, S., Saksena, G., Ellrott, K., Wendl, M. C., Wheeler, D. A., Getz, G., Simpson, J. T., Gerstein, M. B., Ding, L., Akbani, R., Anur, P., Bailey, M. H., Buchanan, A., Chiotti, K., Covington, K., Creason, A., Ding, L., Ellrott, K., Fan, Y., Foltz, S., Getz, G., Hale, W., Haussler, D., Hess, J. M., Hutter, C. M., Kandoth, C., Kasaian, K., Kasapi, M., Larson, D., Leshchiner, I., Letaw, J., Ma, S., McLellan, M. D., Men, Y., Mills, G. B., Niu, B., Peto, M., Radenbaugh, A., Reynolds, S. M., Saksena, G., Sofia, H., Stewart, C., Struck, A. J., Stuart, J. M., Wang, W., Weinstein, J. N., Wheeler, D. A., Wong, C. K., Xi, L., Ye, K., Bieg, M., Boutros, P. C., Buchhalter, I., Butler, A. P., Chen, K., Chong, Z., Drechsel, O., Jonathan Dursi, L., Eils, R., Espiritu, S. M. G., Fulton, R. S., Gao, S., Gelpi, J. L. l., Gerstein, M. B., Gonzalez, S., Gut, I. 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• Journal Name: Nature Communications
• Publisher: Nature Research
• ISSN: 2041-1723
• ISSN (Online): 2041-1723
• Copyright Holders: Copyright © 2020 The Authors
• First Published: First published in Nature Communications 11: 4748
• Publisher Policy: Reproduced under a Creative Commons License